一是事业单位如何科学合理地进行分类?在此次改革中，中央对现有事业单位分类进行了总体部署，分三大类，即回归行政类，转为企业类及保留事业单位类。对承担行政职能的，逐步将其行政职能划归行政机构或转为行政机构;对从事生产经营活动的，逐步将其转为企业;对从事公益服务的，继续将其保留在事业单位序列，强化其公益属性。根据职责任务、服务对象和资源配置方式等情况，将从事公益服务的事业单位细分为两类：承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层的基本服务等基本公益服务，不能或不宜由市场配置资源的，划入公益一类;承担高等教育、非营利等公益服务，可部分由市场配置资源的，划入公益二类。

　　目前，国务院共有社科院中科院等直属事业单位14个，有国资委、科技部等相关部委29个，税务总局、工商局等直属机构18个，以及部委管理的国家局10个。在这些机构下面，基本上都有数目不等的相关事业单位。种类繁多，行业领域涉及教育、科技、文化、卫生、、社会福利、体育、交通、城建、农业、信息、法律、勘察等上百个种类。

　　为支撑事业单位主体，多数事业单位下设有二级、三级事业单位或企业，下属单位经过多年的改革与发展又不断衍生出新的产业，形成了错综复杂的事业单位现状。以机关后勤事业单位为例，中央国家机关各部委设有机关服务局，地方各省区市大部分设立了机关事务管理局。这些机关后勤事业单位承担了主体机关委托的一部分行政职能，如房产、基建管理、安全保卫、人防工程以及五委会工作等。同时承担着为机关服务的职能，如管理机关食堂、印刷厂、车队、宾馆、疗养院、幼儿园等。具有行政和公益类事业单位的双重职能，有些单位还有经营任务便具备了三重职能，难以划分其种类。国家行政学院教授汪玉凯指出，“如何能把126万家不同类型的事业单位合理有序、公平公正地进行归类，是一件极富挑战的工作。”

　　二是分类后人员剥离问题。此次事业单位改革涉及4000万事业单位职工的切身利益。如何妥善解决人员分流和待遇问题是摆在各事业单位负责人面前的一道难题。维护稳定也是这项工作中的一个重要政治任务。此次事业单位改革政策中提出了“老人老办法、新人新制度、中人逐步过渡”的总体思路，办法公平公正、具有可行性。但在具体实施环节，仍然可能会面对不同的阻力，需要做大量深入细致的工作。尤其是在事业单位转企过程中需要做大量的前期工作。长期以来，事业单位比企业稳定的观念已经深入人心，成为改革发展的阻力。如果政策没宣传好，可能会造成职工的情绪不稳定，认为改革的目的是为甩包袱。

　　三是统筹规划养老问题。事业、企业、公务员三支队伍养老水平不均衡的问题是改革中的一项难题，也是长期以来一个重要的社会不稳定因素，处理不好会对事业单位转企造成巨大阻力。比如随着物价上涨，按照国家政策事业单位分三步规范了退休人员的津补贴，解决了职工的生活保障问题和单位的后顾之忧，但由于地方社保工资上调政策的出台和执行相对滞后，上调幅度相对较小，造成了事业单位管理的退休职工和事业单位退入社保人员的收入不均衡。一些单位为维护稳定，在国家政策未出台之前，采取发放补贴形式进行了平衡，但也因此加重了单位负担。所以在政策出台和执行过程中应统筹考虑社会养老问题，中央政策和地方政策需有机衔接，确保职工队伍的稳定。

　　四是如何建立起一个有效的体制和机制?这将是最终检验改革是否成功的根本标志。这涉及很多方面，如：事业单位内部的用人制度、收入分配制度以及领导制度、运行机制等如何与事业单位的整体改革相适应;事业单位的管理体制以及与传统的上级党政机构的关系模式需要做怎样的调整和改革;如何在实践中建立起事业单位的法人治理结构，等等。

　　只有妥善解决以上这些根本性问题，事业单位改革才能真正取得实质性进展。

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