中国水产科学研究院南海水产研究所成立于1953年，是我国南海区域从事热带亚热带水产基础与应用基础研究、水产高新技术和水产重大应用技术研究的公益性国家级科研创新机构。现有在职人员309名，其中，高级研究人员123名。中国水产科学研究院首席科学家2名，博士生导师14名、硕士生导师69名，国家级和省、部级有突出贡献专家10名，享受政府特殊津贴专家21名。
所内设有渔业资源研究室、资源养护与海洋牧场研究室、渔业环境研究室、水产养殖与遗传育种研究室、渔业工程研究室、渔业生物病害防治研究室、食品工程与质量安全研究室等7个研究室，以及渔业信息中心、南海渔业战略研究中心、调查船基地、深圳试验基地、热带水产研究开发中心（海南）、花都试验基地、珠海试验基地、北部湾海洋渔业研究中心（北海）、广州海鸥岛河口试验基地。
依托所建有国家水产品加工技术研发中心、全国水产标准化技术委员会渔业资源分技术委员会、农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室、农业农村部水产品加工重点实验室、农业农村部外海渔业开发重点实验室、农业农村部南海渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部南海区海水养殖病害防治研究中心、农业农村部南海区渔业生态环境监测中心、农业农村部斑节对虾遗传育种研究中心、农业农村部南海水产育种创新基地、农业农村部华南水产品加工与质量安全研究中心、农业农村部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室（广州）、农业农村部渔业环境及水产品质量监督检验测试中心（广州）、人力资源与社会保障部农业-164号特有工种职业技能鉴定站、广东省渔业生态环境重点实验室、广东省水产标准化技术委员会、广东省水产品精深加工及副产物高效利用工程技术研究中心、广东省网箱工程技术研究中心、广东省海洋生物种业工程技术研究中心、中国水产科学研究院水产种质资源与养殖技术重点实验室、中国水产科学研究院海洋牧场技术重点实验室、中国水产科学研究院水产品加工及综合利用工程技术研究中心、中国水产科学研究院网箱工程技术研究中心、广东省海洋休闲渔业工程技术研究中心、中国水产科学研究院南海水产研究所博士后科研工作站、中国水产学会科普教育基地、国家现代农业科技示范展示基地等38个部（省）、院级重点实验室、研究中心、野外台站。
全所主要研究领域包括渔业资源保护与利用、渔业生态环境、水产健康养殖、遗传育种、生物技术、水产病害防治、水产品加工与综合利用、水产品质量安全控制、渔业装备与工程技术以及渔业信息等10大领域。
建所以来，承担3700多项国家级、省（部）级科研项目，获得国家级奖励16项，省、部级奖励300多项。突出成果有《四大家鱼人工繁殖》《大珠母贝人工育苗与插核珠技术》《“南海贻贝观察”体系的研究》《广东省海岛水域海洋生物和渔业资源调查》《鲻鱼人工繁殖与育苗技术研究》等。
2016-2020年，承担包括国家自然科学基金、国家重点研发计划等各类科研项目共829项，其中国家级项目97项、省部级项目626项；获得各级成果奖励42项次，其中省（部）级一等奖3项、二等奖8项；发表学术论文1689篇，其中SCI/ EI收录697篇（其中一区SCI 135篇），出版专著36部；发布国家、行业、地方等各类标准28项，获授权专利472件，被列为第二批广东省知识产权示范事业单位。
出版核心学术期刊《南方水产科学》，拥有华南地区贮藏量最丰富的南海海洋生物标本馆，现有千吨级海洋渔业科学调查船“南锋”号、300吨级渔业资源调查船“中渔科301”号。
